Remedios no forma parte de las siete villas oficialmente fundadas por la corona española entre 1511 y 1515 durante el proceso de conquista y colonización de la isla capitaneado por Diego Velázquez. Las circunstancias que dan lugar a la aparición de esta villa en la primera mitad el siglo XVI ha impedido precisar con exactitud su fecha de fundación. Se conoce de la exploración y presencia europea en esta zona, antigua provincia india de Sabana o Sabaneque, desde 1513 y 1514 pero no hay constancia absoluta y documentada del establecimiento de un pueblo, hipótesis sostenida por varios historiadores locales.
Los orígenes de la villa están relacionados con Vasco Porcallo de Figueroa, importante figura de la conquista y colonización de Cuba, encomendero de Camagüey, Trinidad y Sancti Spiritus. Porcallo, en fecha no determinada, fomenta un embarcadero o puerto de mar en la bahía del Texico, muy próximo a la actual ciudad de Remedios, para beneficiarse del comercio y la gran empresa que significaba el abastecimiento de las tropas que partían a la conquista y colonización de las tierras del golfo de México y la Florida.
La primera referencia conocida de este asentamiento la ofrece el Obispo Diego Sarmientos en 1544. Santa Cruz de la Sabana era entonces una especie de feudo o señorío de su propiedad. A mediados del siglo XVI establece su propio cabildo, deslindándose de la jurisdicción de Sancti Spíritus y se convierte en la 8va villa de Cuba. Posterior al feroz ataque pirata de 1578 se traslada un poco más tierra adentro hasta su emplazamiento actual y adopta el nombre de San Juan de los Remedios.
Por disposición 002 del 24 de mayo de 1986 de la Asamblea Municipal del Poder Popular, en correspondencia con el Atlas Histórico y Demográfico de Cuba, y dada la falta de consenso entre historiadores e investigadores, se adoptó el año de 1515, y el día 24 de junio, en el marco de las fiestas patronales de San Juan Bautista, como fecha de fundación. Se deja abierta la posibilidad de variar esa fecha si investigaciones posteriores arrojaban resultados concretos sobre las incógnitas del tema.
El relativo auge de la economía de la región, predominantemente ganadera, durante el siglo XVII, continúa atrayendo los saqueos piratas, factor que unido a intereses económicos hace que se proponga nuevamente el traslado de la villa. Este hecho da lugar a uno de los episodios más interesantes de la historia colonial de Cuba, magistralmente narrados por Fernando Ortiz en el libro “Historia de una pelea cubana contra los demonios”. Los acontecimientos provocan el traslado de varias familias remedianas las cuales fundan Santa Clara El 15 de julio de 1689. Los que se quedan, luego de muchas vicisitudes, logran en 1694 la autorización oficial del Rey para que Remedios siguiese existiendo.
A comienzos del siglo XVIII el desarrollo arquitectónico de la villa era precario; según las actas capitulares solo las construcciones religiosas tuvieron cierta relevancia, sobresaliendo la iglesia parroquial. Por esa época no se menciona la existencia de alarife lo que no impide que se establezcan ciertas restricciones paras fabricar. En la década de 1730 hay un incremento poblacional y de las peticiones de solares para construir viviendas, las cuales rebasan los límites de la plaza y las primitivas calles Real y de la Mar.
A mediados de siglo se trazan las primeras calles más anchas y rectas, paralelas al núcleo antiguo, el cual se caracteriza por sus calles estrechas y sinuosas. Simultáneamente a la expansión urbana se inicia el desarrollo arquitectónico de la villa. En 1757, luego de las obras de ampliación, Remedios contaba con 22 calles, 10 este-oeste, 12 norte-sur. El aumento de las riquezas en manos de una burguesía esclavista que inicia una vida urbana y el temor a los incendios, posibilita la construcción de las primeras viviendas de mampostería con techo de madera y tejas que rompen la rústica homogeneidad constructiva de la villa y son exponentes de los rasgos barrocos dentro de una arquitectura tradicional.
Al comenzar el siglo XIX Remedios había alcanzado prácticamente las dimensiones actuales manteniendo un carácter marcadamente rural con muchas áreas sin urbanizar y espacio entre las casas. En 1819 un incendio destruye parte de la villa. En 1827 de 1009 casa solo 21 eran de mampostería y tejas. Una relativa recuperación económica se refleja durante el segundo cuarto del siglo, con la construcción a partir de esta fecha de importantes edificaciones domésticas que marcan la introducción de los rasgos neoclásicos. Si bien la villa no crece, se compacta la trama urbana con edificaciones generalmente de un solo piso agrupadas en hileras, cerrando con sus fachadas lisas las estrechas calles sin árboles. Los portales solo existían en edificaciones ubicadas en el entorno a la plaza o en las afueras de la villa.
A finales de la década de 1840, producto a su expansión desde Matanzas, se inicia un vertiginoso desarrollo de la industria azucarera en la jurisdicción remediana, comenzando también la etapa de mayor auge constructivo y progreso urbano, unido a un rápido incremento poblacional. Las edificaciones de mampostería y tejas aumentan considerablemente. El temor a los incendios, unidos al aumento de las riquezas y la preocupación por el embellecimiento de la ciudad, hace que se prohíba fabricar con cobijas de guano en las manzanas próximas a la Plaza Mayor.
En 1862 Remedios contaba 304 casas de mampostería y tejas. Ese año aparece el alumbrado público y durante esa década se arreglan las calles, se construyen las aceras de piedra, la cárcel, el cuartel de infantería, un nuevo cementerio, la Plaza del mercado y un paseo o alameda.
La guerra de los Diez años, iniciada en octubre de 1868, no hizo sentir prácticamente sus efectos en la jurisdicción de Remedios, reforzada por la presencia militar española, lo cual se demuestra por la fuerte actividad constructiva que no se detiene durante esa década y la concesión a Remedios del título de ciudad en 1874. En 1880 ya existían 583 casas de mampostería y tejas.
Sin embargo al concluir la contienda bélica el gobierno español aplica una nueva división político administrativa, desmembrándose la antigua jurisdicción remediana en varios municipios: Vueltas, Camajuaní, Placetas, Yaguajay y Caibarién, este último consolidado como puerto y vinculado directamente por el ferrocarril de Zulueta que no pasó por Remedios; todo lo cual si bien significo el progreso urbano de estos pueblos repercute negativamente sobre la antigua cabecera jurisdiccional que pierde sus funciones administrativas y comerciales debilitándose como centro residencial de hacendados y propietarios. Esto significó el cese de la actividad constructiva y el inicio del estancamiento urbano de la ciudad de Remedios que al igual que su vecina Trinidad, décadas atrás, se convierte en una de las ciudades muerta del proceso azucarero cubano.
La etapa republicana se inicia en medio de una profunda decadencia económica. En las dos últimas décadas del siglo XIX y primera del XX fue muy pobre la construcción de edificaciones. A partir de 1912 se produce una relativa mejoría económica en la región bajo el auge de la industria azucarera desarrollada con capital norteamericano. La actividad constructiva no alcanza las proporciones de la centuria anterior, pero es a partir de esta fecha que comienzan a introducirse los códigos eclécticos dentro del sistema urbano colonial. Los cambios que produce el eclecticismo se manifiestan principalmente en el diseño ornamental de los elementos de fachadas, las que generalmente se mantienen continuas y sin portales, con la altura y linealidad que caracterizó a las etapas anteriores. Gran parte de estas edificaciones pertenecen a la década de 1920 y muchas no fueron más que remodelaciones de edificios coloniales preexistentes. El atraso económico de la localidad durante la seudo república impidió la existencia de recursos para acometer acciones constructivas de renovación urbana por lo que Remedios conservó un rico patrimonio arquitectónico, valioso testimonio material de nuestra historia e identidad, razón por la cual su centro histórico urbano es declarado en marzo de 1980 Monumento Nacional.
San Juan de los Remedios es un ejemplo eminentemente representativo de un conjunto arquitectónico coherente y armónico en una de las primeras villas de Cuba y América que surge excepcionalmente con el concepto de villa hacienda fuera del vasto plan de colonización española y conserva la trama urbana irregular de ascendencia medieval de los siglos XVI y XVII en forma de tela de araña a partir de su plaza central, que contrasta y se integra, por su continuidad, con crecimiento urbano más ortogonal de los siglos XVIII y XIX.
San juan de los Remedios esta directa y materialmente asociado con una de las tradiciones festivas vivas de importancia universal excepcional: las Parrandas, declaradas Patrimonio cultural Inmaterial de la Humanidad que se originan en la villa hacia 1820 y tienen a la Plaza Mayor como escenario. Desde finales del siglo XIX e inicios del XX la festividad se fue extendiendo hacia otros pueblos de la región central de Cuba.